然而，当这部巨著写到一半时，李陵被俘，皇帝刘彻大怒，在专制帝王眼中，只有自己的命值钱，别人的命都不值钱，所以，他认为李陵应该自杀。大臣们谄媚刘彻，也一致认为李陵应该自杀。刘彻问司马迁的意见，司马迁的灾难于是来临，他回答的恰恰是刘彻所不愿意听的话，他说：
“李陵对士兵非常爱护，平时常以杀敌报国为最大志愿。如今不幸战败，而一些没有冒一点危险的大人先生，却在一旁议论纷纷，挑剔他的过错，使人痛心。李陵以不满五千人的步兵，深入沙漠与八万骑兵对抗，转斗数百里，箭尽力竭，但仍冒白刃反攻，部下毫无离心，自古名将，不过如此。他身虽被俘，却曾力挫强敌，也足以名垂天下。而且我更相信，李陵忍辱投降，绝非出自本心，他一定另有计谋，报效祖国。”
纪元前八一年，刘彻已死，在匈奴羁留二十年的苏武被释回国时，写信给李陵，劝他一同回国。李陵复信说：“我当时所以不死，只是打算效法前辈英雄，有所作为。可是，大志未成，全族被刘彻屠戮，老母都不能幸免。仰天捶胸，眼泪流尽，继之泣血。”忍辱负重的人不可能被狂热分子体谅。沉痛的心情，也不可能被浮滑之徒了解。所以李陵、司马迁不得不成为悲剧人物。
刘彻既决心屠戮李陵全族，对司马迁赞扬李陵的话，当然使他大为光火，就把司马迁囚入诏狱。法官会审的结果，确定司马迁犯了包庇叛徒的伪证之罪，判处死刑。司马迁的家人为他好不容易借贷到一笔赎金，才减为次一等的腐刑——将生殖器割除。
腐刑固然痛苦，但尤其羞辱，司马迁几次都要自杀，但他终于在残忍的命运下活下去，为的是要完成他的《史记》巨著，他的苦心使我们感谢。
《史记》上自纪元前二十七世纪黄帝姬轩辕，直到本世纪（前一）他受腐刑之后。用二百余人的传记，表达二千六百年间的人事变化和社会变动。再用若干表格和专题报导，作为补充。以简练的中国古文写出五十二万字巨书，成为中国史籍的珍宝。而且这种体裁，从此被史学家奉为圭臬，中国所谓“正史”，两千年来都跳不出司马迁所创立下的范畴。
司马迁所遭遇的酷刑，不是孤立事件或偶发事件。它普遍的存在，而且已长久存在。中国司法制度，很早就分为两个系统，一庭——军法系统。
诏狱法庭的特征是，犯法与犯罪无关。法官的唯一任务是运用法律条文编撰一件符合上级头目旨意的判决书。司马迁不过一个中级官员而已，即令最高级官员，只要陷进诏狱系统，都不能自保。像削平七国之乱，拯救西汉王朝的救星，后来担任宰相的周亚夫，他的儿子曾购买一些纸糊的刀枪之类的葬器，预备老爹死后焚化。有人告发周亚夫私藏武器叛乱，立刻
就被投进诏狱。周亚夫向法官解释那些只是死人的用具，法官何尝不知道那是死人的用具，但他们的任务不是追寻真相，而是执行命令，只好回答说：“你虽然没有在地上叛乱，但很明显的，你将在地下叛乱。”周亚夫只有死亡。另一位农林部长（大农令）颜异，当皇帝刘彻发行一种专门向封国诈财勒索用的“鹿皮币”时，颜异仅只向外翻了一下嘴唇，也立刻被投进诏狱，法官判他犯了“腹诽”大罪——虽然没有在言词上反政府，但却很明显的在肚子里反政府。颜异也只有死亡。
诏狱法庭不限于直接冒犯了皇帝，一件谋反案发生后，无论这件谋反案是真的，或是出于诏狱系统——诬陷的，往往千千万万人牵连进去，包括各色人等。像亲王刘安谋反案，死于诏狱的就有数万人。刘彻亲信江充揭发的巫蛊案，死于诏狱的也有数万人。法官对失宠了的亲王、宰相、部长，当敢如此残虐的任意戏弄，低级官员和平民所受到的待遇，我们可用常识判断。以上世纪（前二）九十年代为例，十年中每年诏狱系统逮捕的囚犯，都有十余万人，占全国总人口百分之一。亦即平均一百人中，就有一个人因谋反罪而身系囹圄，这个数目使人毛骨悚然。
这是中国文明的一项耻辱，对此现象，路温舒首先提出呼吁，要求政府尊重人性，保障人权。
路温舒，巨鹿（河北平乡）人，跟司马迁相反，无论在当时或在后世，都默默无闻，他只不过是司法部（廷尉）一名低级的总务官（廷尉史），但也正因为身在司法部任职，所以比普通人了解的更为深刻。纪元前六七年，司马迁受腐刑已三十二年，他给当时的皇帝刘病已上了一份奏章，暴露司法的黑暗，他说：
“司法裁判，是国家大事，处死的人不能复生，砍断的手足不能复续。《书经》上说：‘与其杀一个无罪的人，宁可放掉一个有罪的人。’可是，今天的司法裁判，却恰恰相反。法官们上下勾结，刻薄的人，被称赞为廉明。残忍的人，被称赞为公正。主持正义、昭雪冤狱的人，却有被认为不忠贞的后患。所以，